Project X Zone se desarrolla en un mundo acechado por el caos, con sombras y maldad que se ocultan bajo la pacífica fachada de la vida diaria. De repente, se abre una fisura en el espacio-tiempo que se convierte en una puerta abierta a varios universos, la cual permite que héroes y villanos de diferentes mundos crucen sus caminos. Los jugadores tendrán bajo sus órdenes una amplia selección de parejas de héroes, entre los que se incluyen los más queridos por los jugadores de todo el mundo, tales como Jin y Xiaoyu (TEKKEN), Toma y Cyrille (Shining Force EXA), o X y Zero (Mega Man X). Con ellos, deberán descubrir el origen de la grieta y detener al mal que se está colando por ella y que se está expandiendo por el mundo. Esta épica colaboración entre compañías reunirá a los personajes más valientes y famosos de las franquicias más queridas de NAMCO BANDAI, SEGA y Capcom para crear un RPG táctico que solo se puede describir de una manera: es el crossover definitivo.

Los personajes más famosos de Namco Bandai, Capcom y SEGA se unen en este RPG TÁCTICO para pelear juntos y descubrir por qué han aparecido una serie de extrañas grietas temporales que están afectando a todo el universo.